Setelah menaklukkan galaksi, umat manusia telah mencapai puncaknya dan sekarang mengalami penurunan yang stabil. Sumber daya alam semesta berkurang, dan sekitar 500 miliar manusia mulai kembali ke Bumi. Maka dimulailah perang antara berbagai faksi manusia untuk menguasai planet ini. Akhirnya, pemerintahan otoriter yang dikenal sebagai Sanksi Gaia mencegah populasi kembali Bumi.
Kapten Herlock adalah salah satu Elite Wing yang ditugaskan oleh Sanksi Gaia untuk mempertahankan Bumi. Armada kapalnya tak terhentikan di bawah komandonya. Namun, Sanksi Gaia memungkinkan elit diplomatik untuk berimigrasi ke Bumi, yang membuat Herlock marah. Dia menjadi nakal dan menembaki para diplomat dan seluruh armadanya. Dia memutuskan untuk melepaskan materi gelap di planet itu untuk membuatnya tidak dapat dihuni, tetapi juga ditelan di dalamnya yang mengabadikannya.
Seratus tahun telah berlalu, dan Kapten Herlock yang legendaris masih bebas, dengan hanya Arcadia di bawah kendalinya. Sanksi Gaia melanjutkan rencana mereka untuk menguasai Bumi, sambil menyembunyikan keadaan sebenarnya. Namun, Kapten Herlock tengah mempersiapkan diri untuk pertarungan terakhir dengan mereka, yang akan menentukan nasib dunia!
