Setelah kekalahan Myouri Unzen di tangan Medaka Kurokami dan OSIS-nya, Akademi Hakoniwa kembali damai—setidaknya, untuk sementara. Segera, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima menemukan diri mereka terlibat dalam skema jahat lainnya, yang dikenal sebagai “Rencana Flask”, yang dipimpin oleh kepala sekolah sendiri.
Namun, masalah pertama dewan adalah berurusan dengan sekelompok siswa manusia super baru yang menyebut diri mereka “Tiga Belas Partai”, dipimpin oleh Oudo Miyakonojou yang egois namun kuat. Dengan Rencana Flask yang misterius, tirani Oudo, dan musuh lama yang muncul kembali, keadaan Akademi Hakoniwa jauh dari tenang, dan Medaka serta teman-temannya sibuk karena segala sesuatunya menjadi semakin tidak normal.
Credit: D-animeSubs
