Edo adalah kota yang menjadi rumah bagi semangat dan ambisi samurai di seluruh negeri. Namun, setelah penyerahan feodal Jepang kepada alien kuat yang dikenal sebagai “Amanto”, aspirasi tersebut sekarang tampaknya tidak dapat diraih. Dengan keshogunan yang pernah berpengaruh dibangun kembali sebagai pemerintahan boneka, sebuah undang-undang baru disahkan yang segera melarang semua pedang di depan umum.
Masukkan Gintoki Sakata, seorang pria eksentrik berambut perak yang selalu membawa pedang kayu dan mempertahankan perawakannya sebagai seorang samurai meskipun ada larangan. Sebagai pendiri Yorozuya, sebuah bisnis kecil untuk pekerjaan sambilan, Gintoki sering memulai usaha untuk membantu orang lain—walaupun biasanya dengan cara yang agak aneh dan tidak terduga.
Dibantu oleh Shinpachi Shimura, seorang anak laki-laki berkacamata yang diduga mempelajari cara samurai; Kagura, seorang gadis tomboy dengan kekuatan super dan nafsu makan yang tak ada habisnya; dan Sadaharu, anjing peliharaan raksasa mereka yang suka menggigit kepala orang, suku Yorozuya menghadapi apa pun mulai dari bangsawan alien hingga perkelahian dengan geng lokal di dunia Edo yang selalu berubah.
