Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah ke SMP, namun saat itu, mereka telah kehilangan kontak dengan partner Digimon mereka. Oleh karena itu Taichi terkejut tiba-tiba menerima panggilan darurat yang memanggilnya ke Dunia Digital. Sesampai di sana, dia mengetahui bahwa Digimon hidup dalam ketakutan terhadap Kaisar Digimon yang misterius, yang entah bagaimana menekan kemampuan mereka untuk Digivolve!
Di dunia nyata, Hikari Yagami dan Takeru Takaishi bertemu kembali di kelas lima yang sama. Mereka berbagi tiga teman sekolah: Daisuke Motomiya, yang mengingatkan mereka berdua pada Taichi; Miyako Inoue, seorang ahli teknis; dan Iori Hida, tetangga Miyako. Ketika ketiga anak ini menerima Digivices “D-3”, mereka—bersama Hikari dan Takeru, yang masih memiliki Digivices asli mereka—merupakan generasi baru “Anak Terpilih” yang harus menyelamatkan dunia sekali lagi. Dengan kekuatan Armored Digi-Eggs, mereka harus menggagalkan rencana Kaisar Digimon untuk menyebarkan pengaruhnya ke seluruh Dunia Digital.
