Manusia abadi misterius yang dikenal sebagai “Ajin” pertama kali muncul 17 tahun lalu di Afrika. Setelah ditemukan, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak dapat dihancurkan. Sejak itu, setiap kali Ajin ditemukan di masyarakat, mereka harus ditangkap dan ditahan segera.
Belajar keras untuk menjadi seorang dokter, Kei Nagai adalah seorang siswa sekolah menengah yang hanya tahu sedikit tentang Ajin, hanya sesekali melihatnya muncul di berita. Siswa diajarkan bahwa makhluk ini tidak dianggap manusia, namun Kei tidak terlalu memperhatikan di kelas. Akibatnya, pemahamannya yang sangat kecil terhadap subjek ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika dia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, menandakan kelahirannya kembali sebagai seorang Ajin dan dimulainya hari-hari siksaannya. Namun, ketika dia mendapati dirinya sendirian dalam pelarian dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya mungkin jauh lebih dekat daripada yang dia kira.
