Tomoya Okazaki adalah berandalan yang menganggap hidup membosankan dan percaya bahwa dia tidak akan pernah berarti apa-apa. Bersama dengan temannya Youhei Sunohara, dia bolos sekolah dan berencana menyia-nyiakan masa SMA-nya.
Suatu hari saat berjalan ke sekolah, Tomoya melewati seorang gadis muda yang bergumam pelan pada dirinya sendiri. Tanpa peringatan dia berseru “Anpan!” (makanan Jepang populer) yang menarik perhatian Tomoya. Dia segera menemukan nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan dia berseru hal-hal yang dia suka untuk memotivasi dirinya sendiri. Nagisa mengklaim mereka sekarang berteman, tetapi Tomoya pergi meninggalkan pertemuan itu sebagai bukan apa-apa.
Namun, Tomoya menyadari bahwa dia semakin memperhatikan Nagisa di sekitar sekolah. Akhirnya dia mengakui dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui Nagisa telah ditahan setahun karena penyakit parah dan mimpinya adalah untuk menghidupkan kembali klub drama sekolah. Mengklaim dia tidak ada yang lebih baik untuk dilakukan, dia memutuskan untuk membantunya mencapai tujuan ini bersama dengan bantuan empat gadis lainnya.
Saat Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan gadis-gadis itu, dia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Saat dia mencoba untuk membantu setiap gadis mengatasi rintangannya masing-masing, dia mulai menyadari bahwa hidup tidak membosankan seperti yang pernah dia pikirkan.
