Lima belas tahun setelah peristiwa dahsyat yang dikenal sebagai Dampak Kedua, dunia menghadapi ancaman baru: makhluk angkasa mengerikan yang disebut “Malaikat” menyerbu Tokyo-3 satu per satu. Umat manusia tidak dapat mempertahankan diri melawan Malaikat meskipun menggunakan amunisi dan taktik militer tercanggih mereka. Satu-satunya harapan keselamatan manusia ada di tangan NERV, sebuah organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa yang dijuluki “Evangelions” untuk memerangi Malaikat dengan persenjataan canggih dan penghalang pelindung yang dikenal sebagai Absolute Terror Fields.
Bertahun-tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, putra Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji mengalami pertempuran internal abadi melawan trauma yang terkubur dalam-dalam yang disebabkan oleh kehilangan ibunya dan pengabaian emosional yang dideritanya di tangan ayahnya. Ketakutan untuk membuka diri terhadap orang lain, kehidupan Shinji berubah selamanya setelah bertemu dengan Misato Katsuragi yang berusia 29 tahun, seorang perwira tinggi NERV yang menunjukkan kepadanya kebaikan keibuan berjiwa bebas yang belum pernah dia alami.
Serangan Malaikat yang menghancurkan memaksa Shinji untuk bertindak saat Gendou mengungkapkan motif sebenarnya mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mengemudikan Evangelion Unit-01 secara efisien, robot baru yang disinkronkan dengan biometriknya. Terlepas dari trauma psikologis brutal yang ditimbulkan oleh mengemudikan Evangelion, Shinji membela Tokyo-3 dari ancaman malaikat, tidak menyadari intrik gelap ayahnya.
Dub Jepang baru tersedia sampai episode 14, yang garap Extonan.
