Akibat seringnya berjumpa dengan hal-hal gaib dan kehidupan sekolahnya yang padat, Nene Yashiro hampir tidak bisa beristirahat sampai acara menginap tahunan Akademi Kamome tiba. Nene bersemangat untuk melepas penat bersama sahabatnya, Aoi Akane, dan teman-teman sekelasnya di acara tersebut. Tanpa sepengetahuannya, acara menginap tersebut jatuh pada tanggal yang sama dengan Urabon, ketika batas antara yang mati dan yang hidup terdistorsi, memungkinkan roh-roh jahat muncul ke permukaan.
Ketika sesosok hantu jahat hendak menyerangnya, Nene diselamatkan oleh sosok misterius: Shinigami, Keajaiban Keenam yang dapat menjebak jiwa menggunakan serulingnya. Saat itu, Shinigami menyadari keberadaan Aoi dan menculiknya untuk dijadikan tumbal yang akan menutup penghalang tersebut selamanya. Bersama Hanako-kun dan Akane Aoi, Nene harus memulai perjalanan ke dunia orang mati terdalam untuk menyelamatkan sahabatnya sebelum terlambat.
