Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menemukan teknologi yang jauh lebih maju dibandingkan dengan planet asal mereka, yang mereka beri nama “Aldnoah.” Penemuan ini mengarah pada berdirinya Kekaisaran Vers di Mars dan deklarasi perang melawan “Terran”, mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di bulan—yang kemudian disebut “Kejatuhan Surga”—menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan menyebabkan kedua planet melakukan gencatan senjata yang tidak mudah.
Namun kedamaian mereka rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa sekolah menengah Inaho Kaizuka menyaksikan rencana pembunuhan Putri Asseylum Vers Allusia dari Kekaisaran Vers, yang datang ke Bumi dengan harapan dapat memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata dilanggar, dan penduduk Mars sekali lagi menyatakan perang terhadap umat manusia. Dalam menghadapi musuh yang tidak dapat diatasi ini, Inaho dan teman-temannya kini harus berperang melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang untuk selamanya.
