Berlatar rangkaian peristiwa yang berbeda, cerita ini tidak mengikuti kanon film Appleseed sebelumnya (walaupun disutradarai oleh sutradara yang sama dengan film sebelumnya); ini adalah cerita alternatif dari awal mula mereka. Briareos sudah menjadi cyborg dan tidak lepas dari Deunan untuk kemudian dipertemukan kembali di Olympus untuk bergabung dengan ESWAT.
Appleseed Alpha menggambarkan hari-hari awal Deunan Knute dan Briareos di abad ke-22, saat mereka memulai perjalanan melintasi reruntuhan distopik New York untuk mencari kota Olympus. Mereka disewa oleh Two Horns, panglima perang kota yang hancur, untuk melenyapkan mesin tempur bipedal. Selama pertarungan, mereka bertemu Iris dan Olson, keduanya sedang menjalankan misi. Deunan dan Briareos berteman dengan mereka dan memutuskan untuk bergabung dalam misi mereka.
Iris ditugaskan mencegah cyborg jahat Talos menangkap senjata rahasia yang sedang dibuat manusia. Talos menggunakan Iris untuk mengaktifkan mesin perang raksasa.
