Setelah muncul sebagai pemenang dari turnamen bawah tanah yang brutal, Baki Hanma melanjutkan perjalanannya untuk mengalahkan ayahnya, Yuujirou, orang terkuat di dunia. Namun, dia tidak punya waktu untuk istirahat saat pelari turnamen, Tokugawa Mitsunari, mengunjunginya di sekolah. Dia mengungkapkan kepada Baki bahwa lima terpidana mati yang sangat berbahaya dari seluruh dunia — semuanya terampil dalam seni bela diri — secara bersamaan telah lolos dari kurungan dan menuju ke Tokyo, masing-masing akhirnya ingin mengetahui rasa kekalahan. Tokugawa memperingatkan bahwa, karena kekuatannya yang terkenal, Baki pasti akan bertemu dengan mereka cepat atau lambat, dan dia tidak akan menjadi satu-satunya target mereka.
Mengadaptasi saga pertama dari seri manga kedua, Baki berpusat pada perang habis-habisan antara seniman bela diri Jepang yang terhormat dan orang-orang dari dunia bawah tanah yang gelap.
