Pada hari pertama sekolah menengah pertama, Mato Kuroi kebetulan bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan pendiam yang langsung membuatnya tertarik. Mato mencoba yang terbaik untuk bercakap-cakap dengan Yomi, ingin berteman dengannya. Pada awalnya, dia dihindari, tetapi kebekuan pecah ketika Yomi kebetulan melihat burung biru hias menempel di ponsel Mato, yang berasal dari buku “Li’l Birds At Play.” Mengetahui bahwa mereka memiliki minat yang sama, keduanya membentuk persahabatan yang kuat.
Di alam semesta alternatif, gadis-gadis muda ada sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya berdampak pada dunia lain, dan tanpa menyadari fakta ini, para gadis tanpa sadar terjerat oleh benang takdir.
