Satu tahun telah berlalu sejak Pemberontakan Hitam, pemberontakan yang gagal melawan Kerajaan Britannia Suci yang dipimpin oleh Zero yang main hakim sendiri, yang kini hilang. Kehilangan tanpa pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11—Ksatria Hitam—menemukan diri mereka terlalu tidak berdaya untuk memerangi kebrutalan yang dilakukan terhadap Elevens oleh Britannia, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan pemberontakan di masa depan.
Lelouch Lamperouge, setelah kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup damai bersama teman-temannya sebagai siswa sekolah menengah di Ashford Academy. Mantan rekannya CC, tidak dapat menerima pergantian peristiwa ini, memutuskan untuk mengingatkannya tentang tujuan masa lalunya, berharap bahwa dalang Zero akan bangkit sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang dia mulai, dalam kesimpulan seri yang mendebarkan ini.
Mirror: Meguminime
