Kehilangan orang yang dicintai begitu menyakitkan sehingga terkadang seseorang berharap dapat membangkitkan mereka — kelemahan yang dieksploitasi oleh Millennium Earl yang penuh teka-teki. Untuk membuat senjata mekanisnya dikenal sebagai “Akuma”, dia menggunakan jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Begitu jiwa ditempatkan di Akuma, ia akan terperangkap selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkan mereka adalah dengan mengusir mereka dari kapal mereka menggunakan senjata Anti-Akuma, “Innocence.”
Setelah menghabiskan tiga tahun sebagai murid Jenderal Cross, Allen Walker dikirim ke Black Order—sebuah organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl—untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan lengan sebagai Innocence-nya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa yang menderita di dalam Akuma, Allen dan rekan-rekan Exorcist-nya harus menghentikan rencana akhir Millennium Earl: rencana yang dapat menyebabkan kehancuran dunia.
