Di bawah naungan kegelapan, seorang samurai bertopeng membunuh lima orang di seluruh kota metropolis Jepang: tiga di Tokyo, satu di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa setiap orang adalah anggota Genjibotaru — geng pencuri yang berpusat pada pencurian patung dan artefak Buddha dan yang menggunakan nama pelayan Minomoto no Yoshitune.
Tanpa motif atau petunjuk yang jelas tentang identitas anggota lain, kasus ini mengering sampai kuil Kyoto memanggil Kogorou Mouri yang terkenal. Setelah menerima surat kaleng yang berisi teka-teki aneh, biksu kuil meminta bantuannya untuk menyelesaikannya untuk memulihkan patung mereka yang telah lama hilang. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif sekolah menengah Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki rahasia dan menemukan pembunuhnya, saat Hattori mencari cinta masa kecilnya.
Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menjelajahi jalan-jalan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi tidak sebelum si pembunuh menyerang lagi — membunuh anggota Genjibotaru lainnya dan, setelah berulang kali mencoba membunuh Hattori, akhirnya menculik kekasih masa kecil Hattori. Hanya dengan bekerja sama untuk mengungkap petunjuk yang terkubur, Conan dan Hattori dapat berharap untuk mengakhiri pertumpahan darah samurai nakal dan menyelamatkan cinta Hattori.
