Lima belas tahun yang lalu di hamparan Pasifik yang tandus, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro—seorang insinyur kapal—meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak mungkin antara peristiwa-peristiwa ini hanya terungkap pada kapal mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya.
Di atas kapal untuk liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Tapi kesenangan mereka segera terhenti ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO grup Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan tewas tertusuk dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan mendekati pelakunya. Tidak mau ditangkap, pelakunya mengancam akan meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya.
Saat lambung kapal terisi air dengan cepat, kebenaran di balik pembunuhan penuh dendam akhirnya terungkap. Tanpa tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelaku yang sulit ditangkap sebelum semua orang diseret ke dasar laut.
