Saat bertemu untuk pertama kalinya, petarung jalanan yang tak terkalahkan, Daimon, Masaru, dan Digimon Agumon yang membangkang menjadi teman dengan cara yang paling alami bagi duo orang bodoh ini—dengan bertarung sepenuh hati. Mereka yang memproklamirkan diri sebagai “tim pamungkas” direkrut oleh organisasi rahasia pemerintah yang disebut Digimon Data Squad, atau DATS, yang telah menyaksikan pertarungan manusia yang luar biasa dengan Digimon. Tujuan utama mereka adalah menyelidiki masalah misterius yang disebabkan oleh Digimon yang memasuki dunia nyata, dan dunia saat ini berada di tengah krisis dengan kemunculan Digimon dalam kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya.
Memulai berbagai misi dengan DATS, Daimon dan Agumon menjadi rekan remaja jenius Touma Norstein dan rekan Digimonnya Gaoman, bersama dengan Yoshino “Yoshi” Fujeda yang baik hati dan rekan Digimonnya, Lalamon. Saat kelompok tersebut terus menyelidiki peningkatan pesat Digimon di dunia mereka, kebenaran yang lebih gelap mulai muncul, dan terserah pada Daimon, Agumon, dan teman-teman mereka untuk mengungkap semuanya.
