Dunia Digital sedang berperang, dengan Tentara Bagra yang jahat berusaha mengumpulkan pecahan Kode Mahkota. Siapapun yang berhasil mengumpulkan 108 fragmen tersebut akan menjadi raja Dunia Digital. Sekelompok Digimon jahat, yang dikenal sebagai Tentara Bagra, bertekad untuk mendapatkan Code Crown.
Digimon Xros Wars menampilkan Taiki Kudou, seorang siswa sekolah menengah pecinta sepak bola yang akan selalu berusaha membantu orang yang membutuhkan. Saat keluar bersama teman-temannya Akari Hinomoto dan Zenjirou Tsurugi suatu hari, dia mendengar suara memanggil bantuan. Menyelidiki situasinya, dia bertemu dengan Digimon bernama Shoutmon yang terluka parah di gang terdekat. Menggunakan kekuatan perangkat aneh yang disebut Xros Loader, Taiki berhasil menyelamatkan nyawa Shoutmon, namun ditarik ke Dunia Digital bersama Akari dan Zenjirou.
Bertekad untuk tidak membiarkan Bagra yang jahat mengambil jalannya, Taiki dan teman-temannya bergabung dengan Shoutmon dan Digimon lokal lainnya untuk membentuk pasukan mereka sendiri yang dikenal sebagai Xros Heart. Kini Xros Heart harus berjuang melintasi Dunia Digital untuk mengumpulkan pecahan Code Crown dan mengalahkan Tentara Bagra, namun Taiki dan teman-temannya bukan satu-satunya manusia yang terjebak dalam perang monster ini.
