Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi terjadi satu tahun setelah kekalahan Bagramon dan kawan-kawan. Sejak itu, Taiki Kudou dan Yuu Amano membentuk tim bola basket bersama teman sekelas Yuu, Tagiru Akashi. Suatu hari, Tagiru menemukan area aneh yang disebut DigiQuartz, sebuah dunia aneh dan tidak stabil yang ada antara dunia manusia dan dunia digital. Ia kemudian menyadari bahwa anak-anak di seluruh dunia telah memperoleh Xros Loader dan juga partner Digimon untuk mengikuti kompetisi yang disebut ‘Digimon Hunt’.
Digimon yang mengembara dari dunia digital ke DigiQuartz mampu menyerap emosi negatif yang masuk dari dunia manusia. Hal ini membuat Digimon lebih kuat dengan mengorbankan kekerasannya yang luar biasa. Akibatnya, para Pemburu Digimon harus bekerja untuk menghentikan Digimon tersebut agar tidak menimbulkan kekacauan di dunia manusia. Bergabung dengan Gumdramon pembuat onar, Tagiru bertujuan untuk menjadi Pemburu Digimon teratas, namun tidak menyadari koneksi Digimon Taiki dan Yuu sebelumnya. Namun kekuatan jahat mengintai dengan terciptanya DigiQuartz, dan para Pemburu muda akan segera menyadari bahwa Digimon Hunt lebih dari sekadar permainan sederhana.
