Setelah ditabrak truk pada tahun 2014, Akira Natsume terbangun dan mendapati dirinya berada di dalam mesin setelah koma selama 16 tahun. Saat dia menyesuaikan diri dengan antarmuka baru, dia disambut oleh petugas polisi Minami Uezono dan rekan androidnya Alma. Pasangan itu menunjukkan kepada Akira bahwa otaknya terkandung di dalam perangkat yang disebut EX-ARM — senjata pemusnah massal. Di atas kapal penyelundup musuh, ketiganya harus melarikan diri hanya dengan menggunakan kecerdikan dan keterampilan tempur mereka.
Meski awalnya enggan bertarung, Akira segera mengingat kata-kata kakaknya sebelum kecelakaan itu. Ingatan itu menginspirasi dia untuk mengambil tindakan, merasuki tubuh Alma untuk melawan lawannya menggunakan seni bela diri. Setelah Alma menyambungkannya ke salah satu pelabuhan kapal, dia menemukan potensi dahsyat dari EX-ARM miliknya dengan meretas dan mengambil kendali kapal dengan mudah.
Setelah tiba kembali dengan selamat di darat, Akira bertemu dengan anggota lain dari Tim Pencegahan Penanggulangan EX-ARM, sebuah divisi polisi yang bekerja untuk mengurangi efek dari EX-ARM. Menyaksikan kekejaman yang dilakukan oleh mereka yang mencari kekuatan EX-ARM, dia memutuskan untuk bergabung dengan tim dan mengakhiri teror yang disebabkan oleh senjata tersebut.
