Dalam keputusasaan, Edward Elric mengorbankan jiwa dan raganya untuk menyelamatkan saudaranya Alphonse, dan kini terlantar di jantung kota Munich, Jerman. Dia berjuang untuk beradaptasi dengan dunia yang sama sekali asing baginya setelah krisis ekonomi yang mengikuti akhir Perang Dunia I. Terisolasi dan tidak dapat kembali ke rumah dengan keterampilan alkimia, Edward terus meneliti metode lain untuk melarikan diri dari penjara bersama rekan-rekannya. yang memiliki kemiripan yang mencolok dengan banyak orang yang ditinggalkannya. Sebagai perbedaan pendapat di antara warga Jerman, tetangganya juga merasakan keresahan bangsa yang dipermalukan.
Sementara itu, Alphonse terus menyelidiki hilangnya Edward, mempelajari ilmu alkimia dengan harapan akhirnya bisa bersatu kembali dengan kakak laki-lakinya.
