Mithril, sebuah institusi militer rahasia yang menggunakan teknologi canggih untuk memerangi operasi teroris, menugaskan tim khusus untuk misi sensitif. Di bawah komando perwira atasan Melissa Mao, sersan Sousuke Sagara dan Kurz Weber harus diam-diam melindungi Kaname Chidori—seorang gadis remaja yang secara tidak sadar memegang pengetahuan ilmiah terobosan dan dianggap sebagai “Bisikan”—dari badan intelijen dan organisasi lain yang mengejar kemampuannya.
Sementara Kurz dan Melissa membantunya dari jarak jauh, Sousuke mendaftar di sekolah menengah Kaname sebagai salah satu teman sekelasnya untuk memantaunya dengan cermat. Namun, didikan militeristik dan keterampilan sosial yang buruk menyebabkan sulitnya penyesuaian diri dalam kehidupan sipil. Ia tidak hanya menarik perhatian yang tidak perlu, namun tindakannya kerap membuat Kaname curiga padanya.
Meskipun ada upaya sungguh-sungguh untuk memenuhi tugasnya, penyergapan teroris semakin mempersulit tugas Sousuke. Menyadari dalang kejam di balik penyerangan tersebut, Sousuke mengabaikan perintahnya untuk memastikan keselamatan Kaname.
