Gintoki, Shinpachi, dan Kagura kembali sebagai anggota tim Yorozuya yang suka bersenang-senang tetapi bangkrut! Hidup di Edo realitas alternatif, di mana pedang dilarang dan penguasa asing telah menaklukkan Jepang, mereka mencoba untuk berkembang dalam melakukan pekerjaan apa pun yang bisa mereka dapatkan. Namun, Shinpachi dan Kagura masih belum dibayar… Apakah Gin-chan benar-benar menghabiskan semua uang itu untuk bermain pachinko?
Sementara itu, ketika Gintoki dalam keadaan mabuk terhuyung-huyung pulang pada suatu malam, sebuah pesawat luar angkasa asing jatuh di dekatnya. Seorang anggota kru yang terluka parah muncul dari kapal dan memberi Gintoki sebuah perangkat aneh berbentuk jam, memperingatkannya bahwa itu sangat kuat dan harus dijaga. Mengira itu sebagai jam alarmnya, Gintoki melanjutkan untuk menghancurkan perangkat itu keesokan paginya dan tiba-tiba menemukan bahwa dunia di luar apartemennya terhenti. Dengan Kagura dan Shinpachi di sisinya, dia berangkat untuk memperbaiki perangkat; meskipun, seperti biasa, tidak ada yang sesederhana itu untuk tim Yorozuya.
Dipenuhi dengan humor lidah-di-pipi dan momen-momen emosi yang tulus, musim keempat Gintama mendapati Gintoki dan teman-temannya menghadapi kemalangan paling lucu dan krisis paling berbahaya.
