Kembar setengah iblis Towa dan Setsuna selalu bersama, hidup bahagia di Feodal Jepang. Tapi hari-hari bahagia mereka berakhir ketika kebakaran hutan memisahkan mereka dan Towa terlempar melalui portal menuju Jepang modern. Di sana, dia ditemukan oleh Souta Higurashi, yang membesarkannya sebagai putrinya setelah Towa mendapati dirinya tidak dapat kembali ke masanya.
Sepuluh tahun kemudian, Towa yang berusia 14 tahun menjadi siswa yang relatif bisa menyesuaikan diri, meskipun faktanya dia sering berkelahi. Namun, masalah tak terduga tiba di depan pintunya berupa tiga pengunjung dari Feodal Jepang; Moroha, seorang pemburu hadiah; Setsuna, seorang pembunuh iblis dan saudara kembar Towa yang telah lama hilang; dan Nyonya Tiga Mata, iblis yang mencari benda mistis. Bekerja sama, gadis-gadis itu mengalahkan musuh mereka, tetapi dalam prosesnya, Towa menemukan dengan ngeri bahwa Setsuna sama sekali tidak mengingatnya. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi mengikuti ketiga gadis itu saat mereka berusaha untuk menyembuhkan hilangnya ingatan Setsuna, serta menemukan kebenaran tentang takdir mereka yang terkait.
Credit: Extonan