Digagalkan lagi oleh Naraku, Inuyasha, Kagome Higurashi, dan teman-teman mereka harus melanjutkan perburuan mereka untuk beberapa pecahan Permata Shikon yang tersisa, jangan sampai mereka sepenuhnya berubah menjadi permata yang rusak di tangan Naraku. Tapi Naraku punya rencananya sendiri untuk mendapatkannya, dan akan menghancurkan siapa pun dan apa pun yang menghalangi jalannya — bahkan bawahannya sendiri.
Bahaya yang terus-menerus dan pantang menyerah yang ditimbulkan oleh Naraku memaksa Sango dan Miroku untuk memutuskan apa yang paling penting bagi mereka—satu sama lain atau tugas mereka dalam pertempuran. Sementara itu, Inuyasha harus memutuskan apakah hatinya terletak pada Kikyou atau Kagome, sebelum takdir memutuskannya. Di tengah perlombaan untuk menemukan pecahan, Inuyasha dan saudaranya Sesshoumaru juga harus menyelesaikan perseteruan mereka dan bekerja sama untuk konfrontasi terakhir mereka dengan Naraku, karena ini adalah pertempuran yang harus mereka menangkan untuk menghentikan kejahatan dan kekejamannya untuk selamanya.