Ayumu Aikawa adalah seorang siswa sekolah menengah berusia 16 tahun yang dibunuh secara tragis saat menyelidiki sebuah rumah yang mencurigakan. Namun, dia segera terbangun di samping seorang gadis lapis baja aneh bernama Eucliwood Hellscythe. Dia mengungkapkan dirinya sebagai ahli nujum yang telah menghidupkan kembali Ayumu, akibatnya mengubahnya menjadi zombie!
Sekarang abadi, Ayumu berangkat untuk memburu pembunuhnya. Suatu hari, saat mencari di kuburan, dia bertemu dengan seorang gadis muda yang riuh bernama Haruna, yang sedang melawan beruang dengan gergaji mesin sambil berpakaian seperti gadis penyihir. Setelah dia membunuh binatang itu, Haruna mencoba untuk menghapus ingatan Ayumu tentang dia, tapi dia malah menyerap sihirnya untuk dirinya sendiri. Dilucuti dari kekuatannya, Haruna sekarang memerintahkan Ayumu untuk mengambil perannya berburu makhluk aneh yang dikenal sebagai “Megalo”, monster yang berkeliaran di dunia manusia dan meneror penduduk.
Kore wa Zombie Desu ka? mengikuti kejenakaan harian manusia yang berubah menjadi zombie Ayumu saat ia memulai kehidupan barunya yang menggelikan di mana hal supernatural menjadi norma.
