Bertahun-tahun yang lalu, umat manusia hampir musnah oleh serangga besar berarmor ajaib yang menjadi terlalu kuat dan agresif untuk ditangani. Karena serangga raksasa tersebut, manusia tidak lagi hidup di bumi, melainkan di kota terapung. Namun, bukan berarti semuanya hilang, karena para penyihir dari akademi penyihir terapung bergengsi sedang melawan monster-monster tersebut.
Kanata Age adalah seorang pemuda yang kini dicap sebagai pengkhianat meski pernah dipuji sebagai “Ahli Pedang Hitam”. Ia mendapat kesempatan untuk memperbaiki reputasinya dengan menginstruksikan tim E601, yang tampaknya menghadapi beberapa kesulitan. Terdiri dari tiga gadis, Misora Whitale, Lecty Eisenach, dan Rico Flamel, masing-masing dengan masalahnya sendiri. Tampaknya Kanata akan masuk ke perairan dalam lebih dari sekali karena mereka.
