Sebagai seorang anak, Riki Naoe menutup diri dari dunia luar karena diagnosis narkolepsi setelah kematian tragis orang tuanya. Namun, Riki terselamatkan ketika, suatu hari yang menentukan, seorang anak laki-laki bernama Kyousuke merekrutnya ke dalam tim yang menamakan diri mereka Little Busters. Ditemani oleh Masato, Kengo, dan Rin, orang-orang aneh ini menghabiskan masa kecil mereka melawan kejahatan dan menikmati masa muda mereka.
Tahun-tahun berlalu, dan bahkan di sekolah menengah, rekan satu tim yang kompak tetap bersama. Kyousuke memutuskan untuk menghidupkan kembali Little Busters dengan membentuk tim bisbol karena ini akan menjadi tahun ajaran terakhirnya bersama mereka. Namun mereka punya masalah: jumlah anggotanya tidak cukup! Keadaan telah berubah, karena sekarang giliran Riki untuk menjangkau dan merekrut teman-teman baru ke dalam Little Busters, seperti yang pernah dilakukan Kyousuke untuknya.
Kemudian, sebuah pertanda muncul—Rin menemukan surat aneh yang menempel pada kucingnya, menugaskan mereka tugas untuk mengungkap “rahasia dunia ini” dengan menyelesaikan tugas tertentu. Apa sebenarnya rahasia ini, dan mengapa disembunyikan? Terserah Little Busters untuk mengetahuinya!
