Meskipun keinginan Sayaka Miki terpenuhi, konsekuensi tak terduga yang menyertainya membuatnya kewalahan, menyebabkan permata jiwanya ternoda saat dia menyerah pada keputusasaan dan akhirnya kehilangan kemanusiaannya. Homura Akemi mengungkapkan kepada Kyouko Sakura dan Madoka Kaname nasib akhir gadis penyihir: begitu permata jiwa mereka ternoda, itu berubah menjadi Benih Kesedihan, dan mereka terlahir kembali sebagai penyihir — kebenaran yang dipelajari Homura hanya melalui pengulangan sejarah berkali-kali dalam sebuah tawaran untuk mencegah tragedi Madoka.
Kyuubey hanya menambah keputusasaan mereka ketika dia mengakui niat sebenarnya: untuk memanfaatkan energi yang diciptakan dari gadis penyihir dan menggunakannya untuk memperpanjang umur alam semesta. Saat ancaman Walpurgisnacht, seorang penyihir yang kuat, membayang di atas kepala, Homura sekali lagi bersumpah untuk melindungi Madoka dan dunia dari nasib buruk.
Terjebak antara menghormati keinginan Homura dan menyelamatkan dunia, mana yang akan dipilih Madoka pada akhirnya?
Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 2: Eien no Monogatari adalah cerita tentang takdir yang tak terhindarkan, dan seorang pahlawan yang tidak mungkin bisa mengubah semuanya.
