Tepat tengah malam, Jam Gelap muncul—jam rahasia yang tidak disadari oleh banyak orang. Mereka yang tidak terjebak dalam peti mati selama ini, cukup malang untuk menemukan diri mereka sadar, bertemu dengan makhluk berbahaya yang dikenal sebagai Shadows. Namun, beberapa orang terpilih memiliki potensi untuk menggunakan Persona: kekuatan khusus yang digunakan untuk mengalahkan makhluk-makhluk ini. Kelompok rahasia ini bernama SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), dan misi mereka adalah mengungkap alasan di balik kemunculan Dark Hour.
Hanya beberapa saat setelah murid pindahan Makoto Yuuki memulai residensinya di Asrama Iwatodai, Personanya terbangun setelah serangan oleh Shadow yang kuat. Sekarang direkrut ke dalam barisan SEES, dia mulai bertarung bersama rekan-rekannya, karena hanya mereka yang bisa melindungi umat manusia dari Bayangan dan mencegah anomali yaitu Jam Kegelapan.
