Saat musim gugur hampir berakhir, Chidori Yoshino, anggota Strega, menculik Junpei Iori. Sementara itu, Makoto Yuuki dan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES) memusnahkan Arcana Hanged Man. Segera setelah itu, seorang playboy misterius bernama Ryouji Mochizuki pindah ke Kelas 2-F SMA Gekkoukan.
Seharusnya setelah mencapai tujuan mereka, para anggota SEES percaya bahwa mereka terbebas dari pertempuran yang telah merenggut nyawa orang-orang yang mereka cintai dengan kejam. Namun, Tartarus dan Dark Hour tetap ada, tidak terpengaruh oleh pemusnahan Shadow kedua belas. Bingung dengan kegagalan mereka, SEES harus mengatasi perjuangan pribadi mereka dan menemukan kepentingan siapa yang mereka perjuangkan. Seiring kemajuan perjalanan penemuan diri Makoto dan Junpei, identitas Ryouji dan alasan di balik kebencian Aegis terhadapnya menjadi jelas.
Credit: Pantsubber
