Satu abad yang lalu, kekuatan makhluk perkasa yang dikenal sebagai Hoopa, yang mampu mengalahkan Pokémon legendaris sendirian, ditangkap di dalam botol oleh seorang pengelana sendirian. Botol itu kemudian disembunyikan jauh di dalam gua di padang pasir, dengan harapan kegelapan yang tersegel di dalamnya tidak akan pernah bersinar lagi.
Bertahun-tahun kemudian, seorang pemuda menemukan botol itu dan mematahkan kutukan yang mengelilinginya, melepaskan kekuatan yang terkurung di dalamnya. Isinya berbentuk bayangan Hoopa, dan ia menggunakan kekuatannya yang tidak terikat untuk menghancurkan botol dan mencegah siapa pun menangkapnya lagi. Bayangan itu kemudian mengamuk dan menyerang Hoopa asli, sementara kedua Pokémon memanggil makhluk legendaris lainnya untuk membantu mereka dalam perkelahian. Satoshi—seorang pelatih Pokémon pemula dari wilayah Kanto—dan teman-temannya terjebak dalam baku tembak, dan kini harus berusaha menghentikan Pokémon yang membinasakan tersebut, atau menghadapi bentrokan legenda yang menghancurkan.
