Perjalanan Satoshi dan kawan-kawan melewati wilayah Kalos berlanjut! Setelah Satoshi mendapatkan lencana gym ketujuhnya, kelompok tersebut bergerak menuju kota berikutnya ketika Eureka menemukan Pokémon misterius yang berada di sakunya. Segera diberi nama Puni-chan, itu adalah salah satu Pokémon baru yang bahkan tidak dapat diidentifikasi oleh Satoshi dan Serena, Zukan. Namun, dengan cepat menjadi jelas bahwa Puni-chan adalah target dari kelompok misterius yang mengenakan setelan merah cerah yang dikenal sebagai Team Flare, yang bertujuan untuk menangkap Pokémon baru untuk melanjutkan agenda mereka. Namun ketika Satoshi dan kawan-kawan menyadari bahwa organisasi misterius tersebut tidak berniat memperlakukan Puni-chan dengan sopan, mereka menentang rencana Tim Flare dan berani melawan.
Dengan prediksi Gojika yang semakin dekat, Satoshi mengincar lencana gym terakhirnya sementara Serena memperebutkan Kunci Putri terakhirnya agar dapat berkompetisi di Kelas Master TriPokalon. Namun saat Tim Flare mulai bergerak mencari Z yang misterius, kisah Pokemon XY dan Pokemon XY: Mega Evolution bersilangan saat Satoshi dan teman-temannya, bersama dengan Tim Rocket, terjebak dalam skema yang dapat membuat Kalos berada dalam posisi yang hebat. bahaya.
