Ketika Zero Kiryuu yang hilang kembali ke Cross Academy, Yuuki Cross lega melihatnya selamat, tetapi menemukan bahwa Zero telah berubah dalam lebih dari satu cara. Sebagai akibat dari pilihan yang dia buat, Zero diganggu oleh penglihatan, dan dia berusaha mengungkap alasan di baliknya—tanpa menyadari bahwa jawabannya mungkin lebih dekat daripada yang dia kira.
Segera Yuuki juga mulai tersiksa oleh halusinasi yang mengerikan, dan dia mencari penjelasan tentang masa lalunya yang terselubung dari satu-satunya yang dapat memberikan kejelasan: vampir darah murni Kaname Kuran, yang paling dekat dengan hatinya. Namun apa yang akan terjadi jika kebenaran akhirnya terungkap?
