Mencapai masa kehidupan di mana mereka bukan anak-anak atau orang dewasa, Hanabi Ayase dan Aoi Yui yang berusia 12 tahun bertemu dengan peristiwa yang mengubah hidup. Karena sikap nakal teman-teman sekelas laki-lakinya, Ayase tidak terlalu memikirkan lawan jenis. Namun, sudut pandangnya mulai berubah setelah dia dipasangkan dengan Takao Yuuto yang baik hati untuk tugas kelas dan secara tak terduga berbagi ciuman pertama mereka satu sama lain di atap sekolah.
Saat sahabatnya menemukan cinta, Aoi ingin sekali mencari cintanya sendiri. Dia mendapati dirinya jatuh cinta pada Kazuma Hiyama yang gegabah setelah melindunginya dari pelamar yang ditolak yang berbicara di belakangnya.
12-sai.: Chicchana Mune no Tokimeki mengikuti empat fase remaja ini. Saat mereka tumbuh bersama, romansa manis ini menggambarkan kepolosan dan kegembiraan cinta pertama.
