Sudah setahun sejak menghilangnya Shiro, sang Raja Perak; Kurou Yatogami dan Neko telah rajin mencari, tetapi tidak ada habisnya. Penyelidikan mereka berujung pada perselisihan dengan anggota HOMRA Klan Merah yang sekarang telah dibubarkan—Rikio Kamamoto dan Anna Kushina—dikejar oleh Klan Hijau, yang menginginkan kekuatan Anna untuk tujuan mereka sendiri.
Sekarang, anggota Scepter 4 dipanggil bersama Kurou dan Neko untuk menyelamatkan Anna, maskot, dan satu-satunya anggota perempuan dari Klan Merah yang hancur, dari cengkeraman musuh dan semoga menemukan Shiro menggunakan kekuatan gadis muda itu. Di tengah krisis, kelompok tersebut dipaksa melakukan perebutan kekuasaan saat Klan Hijau mengancam untuk mengambil alih wilayah Raja Emas.
Langkah kedua dalam seri K Project, K: Missing Kings, melanjutkan kisah seorang bocah lelaki yang terjebak dalam perang psikis antara tujuh raja, dan menampilkan perjuangan masing-masing karakter setelah kehilangan Raja masing-masing.
