Di True Cross Academy, Rin Okumura tanpa sadar menemukan tanda-tanda pertama bahwa ada sesuatu yang salah; orang-orang biasa telah memperoleh kemampuan untuk melihat makhluk tak kasat mata yang berkeliaran di dunia manusia, Assiah. Meskipun Rin melihat ini sebagai peluang untuk mendapatkan teman baru, saudara kembarnya, Yukio, semakin terbebani dari sebelumnya. Dibanjiri dengan pendidikannya, tugas pengusir setan, dan posisi mengajar, Yukio tetap diam tentang kekuatan yang dibangkitkannya, tidak dapat memahami skala atau signifikansinya.
Saat Rin dan teman-temannya mempersiapkan Ujian Sertifikasi Pengusir Setan tahunan, Ordo Salib Sejati telah menemukan gerbang buatan pertama menuju alam iblis Gehenna. Menyaksikan ukurannya dan teknologi canggih yang memungkinkannya, para pengusir setan menyadari bahwa mereka sekarang berhadapan dengan Illuminati, sebuah organisasi yang sangat kaya dan berkuasa. Selain itu, Illuminati yang tidak dapat dipahami telah menanam tiga mata-mata di True Cross Order—dan salah satunya mungkin bersembunyi di antara calon pengusir setan yang bersumpah untuk melindungi umat manusia dari ancaman iblis.
