Umat manusia dihadapkan pada perjuangan ketika permukaan laut mulai naik ke tingkat yang belum pernah terjadi sebelumnya pada tahun 2039. Lebih buruk lagi, musuh-musuh kuat yang menyerupai kapal tua masa perang yang disebut Armada Kabut berkeliaran di perairan, memutus komunikasi dan transit ke berbagai wilayah.
Setiap upaya pembalasan berakhir dengan kegagalan dengan persenjataan umat manusia saat ini. Hanya Gunzou Chihaya yang memiliki peluang melawan Armada Kabut sebagai kapten kapal selam persahabatan Fog I-401, Iona. Akibatnya, Gunzou dan krunya, yang dikenal sebagai Blue Steel, ditugaskan dengan misi pengiriman penting oleh pemerintah Jepang: mereka harus memberikan harapan terakhir umat manusia melawan Armada Kabut, Hulu Ledak Torpedo Getaran, melalui perairan yang bermusuhan ke Amerika Serikat. untuk produksi massal.
Meskipun terlibat dalam konflik yang tidak menyenangkan, Blue Steel hanya berusaha untuk mencapai resolusi damai. Saat Iona menjalankan misi saat ini dan tugas-tugas di luarnya, para kru menjunjung tinggi nilai-nilai mereka bahkan dalam menghadapi situasi sulit.
