Captain Tsubasa adalah kisah penuh gairah seorang siswa sekolah dasar yang pikiran dan mimpinya hampir seluruhnya berkisar pada kecintaannya pada sepak bola. Tsubasa Oozora yang berusia 11 tahun mulai bermain sepak bola di usia yang sangat muda, dan meskipun itu sebagian besar hanya olahraga rekreasi bagi teman-temannya, baginya, itu berkembang menjadi semacam obsesi.
Untuk mengejar mimpinya sebaik kemampuan sekolah dasarnya, Tsubasa pindah bersama ibunya ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola sekolah dasarnya yang hebat. Tetapi meskipun ia dengan mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki lebih banyak pesaing, dan ia akan membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk menonjol dari kerumunan baru ini.
Ia tidak hanya bertemu dengan saingan, tetapi juga teman-teman baru seperti gadis cantik Sanae Nakazawa dan penjaga gawang berbakat, Genzo Wakabayashi, yang memiliki hasrat yang sama dengan Tsubasa, dan akan terbukti menjadi teman yang berharga dalam membantunya meraih mimpinya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah impian utama Tsubasa, tetapi dibutuhkan lebih dari sekadar bakat untuk mencapainya.
