Hari penting pembukaan kereta bawah tanah Tokyo yang baru, Jalur Touto, telah tiba, tetapi insiden pemboman menghentikan semua perayaan. Gubernur Tokyo terperangkap dalam ledakan saat berada di dalam kereta, tetapi dia dan semua orang yang hadir untungnya diselamatkan oleh pemikiran dan tindakan cepat Conan Edogawa.
Penasaran dengan kejadian tersebut, Conan meneliti sejarah politik gubernur dan menemukan bahwa pria tersebut bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata untuk membangun Bendungan Kitanosawa. Percaya bahwa serangan itu terkait dengan pembangunan bendungan, Conan, ditemani oleh Ran Mouri, Kogorou Mouri, Profesor Agasa, Sonoko Suzuki, dan Detektif Bocah, memutuskan untuk mengunjungi desa tersebut dan menyelidikinya.
Di sana, mereka bertemu dengan sekelompok penduduk yang tinggal di desa tua sebelum dirobohkan. Namun, saat satu misteri mengarah ke misteri lainnya, salah satu penduduk setempat dibunuh. Mencurigai ada sesuatu yang jauh lebih jahat sedang terjadi, Conan berjanji untuk mengungkap kebenaran di balik dua insiden ini sebelum terlambat.
