Suatu pagi, di dek observasi Bell Tree Tower, seorang pria tiba-tiba ditembak mati oleh penembak jitu tak dikenal. Conan Edogawa, yang kebetulan berkunjung saat pembunuhan itu terjadi, bergegas untuk menangkap penembak jitu tapi gagal melakukannya. Dia kemudian mengetahui bahwa tersangka insiden itu, Timothy Hunter, adalah mantan anggota regu Operasi Khusus Angkatan Laut dan sudah diselidiki untuk kasus pembunuhan sebelumnya. FBI yakin setidaknya ada tiga orang yang diinginkan Timothy untuk tewas. Namun, setelah kematian dua dari mereka, Timothy sendiri terbunuh, membuat penyelidikan menjadi kacau.
Saat mereka kehilangan satu-satunya petunjuk, berita tentang pembunuhan menyebar ke seluruh Tokyo, membuat kota dalam keadaan panik. Terserah Conan untuk menemukan dan menangkap pelakunya dengan harapan dapat mengakhiri teror foya-foya sniping ini.
