Menyusul penutupan kasus “Laughing Man”, Bagian 9 ditetapkan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terorisme dunia maya yang terus-menerus.
Sebuah kelompok yang menamakan diri mereka “The Individual Eleven” telah mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota lain dari Bagian 9 menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena pengungsi asing yang terlantar akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun ketika anggota tim operasi khusus terus-menerus bertemu dengan Gouda Kazundo—anggota terkemuka Badan Intelijen Kabinet—dalam perburuan mereka, mereka mulai curiga bahwa dia mungkin terlibat.
Credit: Kyokusss