Digimon yang terinfeksi—monster digital yang mulai bertingkah mengamuk dan mengalami peningkatan kekuatan yang aneh—sedang menyerang dunia nyata. Sementara Maki Himekawa dan Daigo Nishijima, agen dari Badan Administratif Terpadu yang misterius, berusaha mempelajari lebih lanjut tentang kemunculan yang mengganggu ini, sebagian besar Anak Terpilih sibuk mempersiapkan festival musim panas Sekolah Menengah Umum Tsukishima.
Mimi Tachikawa, yang baru saja kembali ke Jepang setelah tinggal di Amerika selama bertahun-tahun, berjuang untuk menemukan pijakan di antara teman-teman sekelasnya dan sesama Anak Terpilih. Sementara itu, dengan menekuni studinya, Jou Kido sengaja menghindari segala masalah yang berhubungan dengan Digimon sehingga menyebabkan rekannya, Gomamon, kabur. Tindakan individu Mimi dan Jou menyebabkan perselisihan dalam kelompok meskipun ancaman Digimon yang terinfeksi masih membayangi mereka. Akankah keduanya menyelesaikan konflik pribadi mereka tepat waktu untuk membantu teman-teman mereka melawan ancaman terbaru?
