Sersan Sousuke Sagara kembali ke SMA Jindai untuk melindungi aset perang yang berharga, Kaname Chidori, dari ancaman apa pun. Namun, kurangnya keterampilan sosial dan pengalaman kehidupan nyata mengakibatkan situasi lucu namun berbahaya, membahayakan kehidupan sekolah damai yang dirindukan Kaname. Saat Sousuke terus membawa berbagai macam senjata ke sekolah sebagai sarana untuk mengatasi ancaman—nyata atau palsu—Kaname berjuang untuk memenuhi tugasnya sebagai wakil ketua OSIS sambil tetap mengawasinya.
Untuk memastikan misi sukses, Sousuke terkadang terpaksa menggunakan kostum maskot taman hiburan terkenal bernama Bonta-kun. Dengan keahlian teknisnya, ia akhirnya mengubah seragam penuh semangat itu menjadi kerangka luar mutakhir yang hanya memiliki satu disfungsi: penerjemah suara hanya dapat menghasilkan suara “mofu”.
Panik Full Metal? Fumoffu menggambarkan petualangan Kaname dan Sousuke saat mereka mencoba menjalani kehidupan sekolah normal meskipun terjadi kekacauan yang tidak sengaja mereka timbulkan.
