Yuusei Fudou berusaha mendapatkan kembali apa yang dicuri darinya.
Dunia duel telah berkembang, dengan Riding Duels menjadi puncak hiburan bagi warga Neo Domino City. Mereka dimainkan di D-Wheels, hibrida antara Duel Disk dan sepeda motor. Setelah Yuusei yang ahli secara mekanik berhasil membuat D-Wheel miliknya sendiri, mantan temannya Jack Atlas mencurinya bersama kartu terbaik Yuusei, Stardust Dragon; meninggalkan kampung halaman mereka yang bobrok di Satellite, dia melarikan diri ke Neo Domino City.
Dalam dua tahun sejak itu, Jack telah mencapai puncak dunia duel, sementara Yuusei telah melakukan persiapan berkat bantuan teman-temannya. Setelah D-Wheel barunya selesai, dia sekarang berangkat ke Neo Domino City, satu-satunya tujuannya adalah menemukan Jack. Tanpa sepengetahuan mereka, ada hal-hal yang jauh lebih besar yang dipertaruhkan daripada yang dapat mereka bayangkan, yaitu para dalang yang bertindak di belakang layar.
