Mahiro Yasaka hanyalah seorang siswa SMA biasa, hingga suatu hari ia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Tepat ketika segalanya tampak hilang, dia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengaku sebagai dewa pengubah bentuk Nyarlathotep dari Cthulhu Mythos karya penulis horor HP Lovecraft, yang dikirim oleh Badan Pertahanan Luar Angkasa ke Bumi. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana menculik dan menjualnya sebagai budak.
Setelah menyelamatkannya dari alien, dewa Lovecraftian jatuh cinta pada Mahiro dan memaksa dirinya masuk ke rumah Mahiro, yang membuatnya kecewa. Terlebih lagi, mereka segera bergabung dengan dua orang lain dari dunia fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak laki-laki yang mudah dikira sebagai wanita cantik. Bersama-sama, ketiga alien eksentrik melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam kesejahteraan dirinya dan bumi, sekaligus membuat hidupnya seperti neraka.
