Katsuhira Agata adalah remaja laki-laki pendiam dan pendiam yang rasa sakitnya telah hilang sama sekali. Temannya, Chidori Takashiro, hanya bisa mengingat samar-samar hari-hari sebelum Katsuhira mengalami perubahan besar ini. Sekarang, sikapnya yang teredam dan berpuas diri membuat Katsuhira menjadi target konstan para pengganggu, yang mengeksploitasinya untuk mendapatkan uang dalam jumlah yang mengerikan. Tapi tinju mereka hanya berhasil membuatnya berkedip, karena emosi pun jauh dari genggamannya.
Namun, suatu hari Katsuhira, Chidori, dan empat remaja lainnya diculik dan dipaksa bergabung dengan Sistem Kizuna sebagai “Kiznaiver” resmi. Mereka yang mengambil bagian terhubung melalui rasa sakit: jika satu anggota terluka, yang lain akan merasakan penderitaan yang sama. Orang-orang ini harus menjadi tikus percobaan dan kambing hitam dari sistem yang tidak lengkap yang dirancang dengan mempertimbangkan perdamaian dunia. Dengan nasib mereka yang benar-benar terjalin, para Kiznaiver harus mengekspos diri mereka yang sebenarnya satu sama lain, atau berisiko gagal lebih dari sekadar Sistem Kizuna.
