Jenderal Kudou, seorang pembuat koto, percaya bahwa cucunya yang nakal, Chika, tidak akan pernah memahami betapa mendalamnya alat musik tradisional tersebut. Dalam upaya untuk menebus kenaifannya dan memahami perkataan mendiang kakeknya, Chika mencoba bergabung dengan Klub Koto SMA Tokise.
Meski klub sangat membutuhkan anggota, presiden klub baru Takezou Kurata enggan menerima begitu saja lamaran Chika karena reputasinya yang buruk. Meski begitu, setelah melihat keseriusan dan antusiasme Chika, Takezou mengizinkan anak bermasalah itu untuk bergabung, bersama dengan koto ajaib Satowa Houzuki dan tiga teman Chika yang energik. Kono Oto Tomare! mengikuti sekelompok musisi yang bercita-cita untuk bermain di kompetisi nasional.
Lanjutannya: Kono Oto Tomare! Part 2
