Cinta adalah hal yang tidak biasa bagi Risa Koizumi dan Atsushi Ootani, yang sama-sama berjuang untuk menemukan pasangan ideal mereka di sekolah menengah—Koizumi dengan tinggi 172 cm jauh lebih tinggi daripada rata-rata perempuan, dan Ootani jauh lebih pendek daripada rata-rata pria dengan tinggi 156 cm. Yang lebih parah lagi, orang yang mereka sukai jatuh cinta satu sama lain, membuat Koizumi dan Ootani menjadi bingung dan patah hati. Lebih buruk lagi, mereka bahkan dicap sebagai duo komedian oleh wali kelas mereka karena kepribadian mereka dan perbedaan tinggi badan yang mencolok, dan teman sekelas mereka bahkan menganggap argumen mereka sebagai sketsa.
Indah★Kompleksmengikuti Koizumi dan Ootani saat mereka saling menyemangati dalam menemukan cinta dan menjadi teman dekat. Terlepas dari kelakuan konyol mereka, mereka segera menemukan kesamaan tak terduga dalam selera musik dan fashion mereka. Mungkin mereka memiliki chemistry yang belum diketahui, tetapi bisakah cinta berkembang di antara pasangan yang tidak cocok?
