Setelah merayakan kemenangan melawan Al-Thamen, Aladdin dan teman-temannya meninggalkan negeri Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tiba saatnya bagi mereka masing-masing untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asalnya, Kerajaan Kou. Sementara itu Aladdin mengumumkan bahwa dia harus pergi ke Magnostadt—negara misterius yang diperintah oleh para penyihir—untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih mahir dalam sihir. Untuk bagian mereka, didorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana juga berangkat mengejar tujuan mereka sendiri: masing-masing berlatih dan pergi ke tanah airnya.
Magi: Kerajaan Sihirmengikuti teman-teman ini saat mereka semua menjalani petualangan masing-masing, masing-masing menghadapi tantangannya sendiri. Namun, ancaman baru mulai muncul saat perang besar membayangi cakrawala.
